在留資格認定証交付申請や在留資格変更許可申請（以下まとめて、ビザ申請）を行うと、申請者・雇用主のバックグラウンドや申請時期にもよりますが２～４週間程度で結果が判明します。
許可の場合にはハガキで、不許可の場合には封書で出入国在留管理官署（以下、入管）から通知されます。
もしビザ申請の不許可通知が届いてしまった場合でも早々にあきらめてしまう必要はありません。
まずは提出したビザ申請書類を改めて確認
当初どのような申請書類を作成・提出したか、しっかりと確認してください。
入管ではホームページなどで提出すべき申請書類一覧を公開しています。
しかし、公開されている申請書類はあくまでも一般的・典型的なケースで求められる書類です。
ビザ申請では申請者のバックグラウンドや雇用主の状況がそれぞれ異なるのが当然ですので、提出する書類もそれにあわせて用意する必要があります。
入管の審査官は基本的に提出された書類だけで申請者・雇用主のことを判断するしかありません。申請者の職歴についての細かな内容や、雇用主の登記書類や決算書からは分からない事柄は申請者側で（書面でもって）積極的に伝えなければなりません。
ビザ申請で不許可通知が届いてしまう原因には、申請者（または雇用主）がそもそも許可基準を満たしていない場合と、申請書類の説明不足の場合とがあります。
後者とならないためには、申請前に、入管審査官が疑問に思う点や足りないと思うであろう情報について適切な資料・情報を準備し申請書類に添付して提出することが必要です。
（このことは、ビザ申請が不許可とまでいかなくても、なかなか結果が出ない場合、当初提出しておけばスムーズに許可がおりていたという審査長期化の防止にもなります）
入管で不許可の理由を聞く
当初の申請内容の確認とあわせて、ビザ申請書を提出した入管（地方出入国在留管理局）を訪問して不許可理由の確認をしてください。
入管から送られてくる不許可通知書にはごくごく概括的な理由しか記載されておらず、具体的に何が足りなかったか・基準を満たしていなかったかは理解できないと思います。
申請者や雇用主・申請を代行した行政書士などは、入管審査官から直接 具体的な不許可理由を説明してもらうことができます。
前述した申請書類の確認をしっかりすれば、入管審査官と面談する前にある程度 不許可となった理由のめぼしはつけられる場合があると思います。（または、申請時から懸念されていた場合もあるかともいます。）
入管審査官との面談によって、あきらかに許可基準を満たしていない項目を指摘され、それがリカバリー不能であれば今回の申請はあきらめるしかありません（たとえば申請者に犯罪歴があることを隠していた場合等）。
しかし、申請者側の説明が不十分であったり・不足書類があったことにより審査官の誤解等を招いてしまっていた場合は、再申請で一つ一つその誤解を解けば許可への道は開けます。
したがって、行政書士などの専門家に申請を代行してもらったかどうかにかかわらず、提出した申請書類に含まれる内容を十分に把握することが重要です。自分がどういった情報を入管に提供したかを十分に理解せずに、あわてて入管審査官に不許可理由を確認しに行っても必要十分な情報を得ることはできない可能性が高いです。
また、再申請を行う場合、当初の申請書類に記載された内容と齟齬があれば、審査官の疑義が強化され、許可はますます遠のくでしょう。
申請者（または雇用主）としては、落ち着いて申請内容を確認し、冷静に熱意をもって入管審査官と向き合ってください。
熱意のみによって不許可を許可に変えることはできませんが、「どうしても申請者のビザをとりたい」との熱意があれば、その熱意は入管審査官にも伝わり、再申請での有益な情報提供（何が足りないかの情報提供）に協力的になってくれることでしょう。
当所ではビザ申請が不許可となった場合の申請書類のチェックや再申請のサポートを行っています。
難しい案件については国内外ビザ申請実務の経験が豊富な当所までご相談ください。